Cтипендії Президента України призначаються відповідно до Положення про стипендії Президента України для переможців Всеукраїнських учнівських олімпіад з базових навчальних предметів та Положення про стипендії Президента України для переможців Всеукраїнського конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт учнів-членів Малої академії наук України, затверджених Указом Президента України від 16 травня 2006 року № 398/2006. Щороку цю стипендію отримують 120 переможців ІІІ етапу конкурсу МАН та 150 переможців IV етапу всеукраїнських учнівських олімпіад з навчальних предметів.
Стипендіати Президента України
| за навчальний рік | Прізвище та ім`я ліцеїста |
| 2014/15 | Солоданюк Андрій |
| 2016/17 | Коваленко Данило Санжаровський Анатолій |
| 2017/18 | Анцибор Вячеслав* Комашня Михайло Моніна Наталія |
| 2018/19 | Коваленко Данило* Комашня Михайло Денисюк Артем |
| 2019/20 | Олещенко Євгенія |
| 2020/21 | Білостенко Георгій Лазарова Єлизавета |
| 2021/22 | Клименко Ігор Куруленко Анастасія Маврін Андрій Муцький Михайло |
| 2022/23 | Зеленчук Дмитро Маврін Андрій Страшний Василь Шехет Павло |
* підвищена стипендія Президента України